病例情况介绍

 1名25岁女性患者，主诉行走不稳20年，临床拟诊：共济失调原因待查，怀疑周围神经病？其他实验室2021年8月检测报告结果提示：先证者携带COX20基因NM_198076.4：c.41A>G（p.K14R）纯合变异，变异评估为临床意义未明变异（PM2_Supporting+PM3+PP1_Moderate）。

报告评估信息如下：

HGMD pro数据库报道情况：变异位点c.41A>G报道为致病变异（DM，报道疾病：PubMed_ID:30656193, PubMed_ID:31079202）。

PM2_Supporting：正常人群变异数据库低频变异；

PM3：与至少2个临床意义未明变异反式分布，至少2个先证者携带此纯合变异；PP1_Moderate：在2个不同的家系中检测到此变异与疾病共分离。

相关疾病与表型：

COX20（OMIM：619054）基因纯合或复合杂合变异可以导致常染色体隐性遗传的线粒体复合物Ⅳ缺乏症，核基因型11型（Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 11；OMIM：619054）。

线粒体复合物Ⅳ缺乏症，核基因型11型一种常染色体隐性遗传疾病，其特征是在儿童或青少年时期出现感觉神经病，其他特征包括肌张力减退、小脑共济失调、震颤、肌张力障碍、舞蹈手足徐动症和/或构音障碍。患者可能有可变的运动迟缓、语言迟缓或智力发育受损。

·变异重新评估后结果·

     该患者2024年8月进行遗传咨询，临床仍高度怀疑COX20基因NM_198076.4：c.41A>G（p.K14R）纯合变异，经过对变异致病性的重新评估，该变异评估为致病性变异（PM3_VeryStrong+PP1_Strong+PVS1(RNA)_Strong+PM2_Supporting）。

重新评估相关证据如下：

1. PM3_VeryStrong+PP1_Strong：该变异以纯合、复合杂合形式在多名患者中检出。

①　在3个家庭的4名神经系统疾病患者（表型包括肌张力减退、反射消失、共济失调、构音障碍、肌张力障 碍和感觉神经病）中检出c.157+3G>C和c.[41A>G;340G>A]复合杂合变异，其中c.340G>A（p.G114S）被评估为良性变异（PMID: 30656193）；

②　在1个家系的2名感觉支配性轴索神经病和静息性脑病患者中检出c.41A>G（p.Lys14Arg）和c.222G>T（p.Trp74Cys）复合杂合变异，其两名兄弟姐妹仅携带杂合变异且未受累（PMID: 31079202）；

③　在1个感觉性多发性神经病家系的2名患者中检出c.157+3G>C、c.41A>G（p.K14R）和c.340G>A （p.G114S）变异，相位不明确（PMID: 32999401）；

④　以纯合、复合杂合形式在8个感觉神经病患者中检出，其中3名患者携带纯合变异（1名患者父母为近亲结婚），5名患者反式位置分别为c.98C>T（p.Ser33Leu）、c.222G>T（p.Trp74Cys）、c.259C>T（p.Gln87*）、c.157+7A>G变异（PMID: 33751098）。

2. PVS1(RNA)_Strong：功能试验证明变异导致异常剪接。

该变异位于1号外显子的倒数第二个碱基位置，生物信息分析软件SpliceAI=0.86，预测影响剪接；功能实验：对患者与对照组的成纤维细胞进行RT-PCR检测，定量PCR分析显示患者纤维细胞中COX20 mRNA的表达显著降低，TA克隆测序发现在1号外显子3’端缺失了20个碱基对，表明在1号外显子中出现了1个上游供体剪接位点，c.41A>G（p.K14R）变异导致了异常剪接产生并导致蛋白翻译提前终止p.Gly8Valfs*2。与对照成纤维细胞相比，患者来源的成纤维细胞中发现COX20蛋白水平显著降低（PMID: 30656193、33751098）。    

3. PM2_Supporting：正常对照人群中未发现的变异(或隐性遗传病中极低频位点)。

gnomAD正常人群频率为0.000024（1/41838）。

·该病例致病性评估不一致原因·

1. 文献检索及文献更新：之前评估时可能仅查询到部分文献资料，且在2021年8月至2024年8月期间文献更新报道多名患者以纯合或复合杂合形式携带该变异。

2. 特定位置变异的软件预测结果及功能试验结果分析：该变异位于1号外显子的倒数第二个碱基位置，生物信息分析软件SpliceAI预测影响剪接；功能试验证明变异导致异常剪接。同时根据2023年7月新发表的ClinGen SVI对剪接变异的致病性分类的建议，该变异可使用证据PVS1(RNA)_Strong。

·遗传咨询与变异评估·

  随着高通量二代测序(NGS)技术的不断完善，其在临床的应用和研究逐渐普及，越来越多的医生及医疗机构开始使用NGS技术进行孟德尔遗传病的筛查、分子诊断以及遗传学研究，NGS可检测出大量的变异数据，专业性解读这些变异至关重要，2015年美国医学遗传学学院（ACMG）和分子病理学协会（AMP）发布了基因变异的解读标准及指导原则《ACMG遗传变异分类标准和指南》，中国遗传学会遗传咨询分会组织多位遗传咨询领域专家共同编译了该指南的中文版，成为解读遗传变异的重要参考依据。

  目前的变异致病性评估是以ACMG指南为准，结合ClinGen SVI小组对各条证据的补充建议，ClinGen专病小组针对不同疾病/基因的解读指南，以及人群数据、文献报道/临床数据、软件预测结果等信息完成对变异致病性的评级。变异致病性评估对于疾病的辅助诊断、治疗、家族风险评估、生育规划以及遗传咨询之后的科学决策都具有重要意义。

检测报告中检出的变异都有致病性评估结果，然而多项研究表明，实验室之间突变解读的不一致率约为10~40%。

造成解读不一致的原因主要有以下几点：

1. 不同实验室评估标准存在差异。

虽然目前的解读都是以ACMG指南为准，但由于对证据的理解不同以及证据强弱等级标准的差异，解读者可能基于相同的数据应用不同的标准，导致评估结果不一致。

2. 患者临床表现及家族史信息收集会影响共分离证据、表型与疾病一致性证据的使用，临床信息收集不全，或者由于评估时间不同，患者临床信息有进一步变化，都会影响变异致病性评估。

3. 公共数据库数据、文献等信息收集的完整程度不同，并且评估时间不同，上述信息可能会有所更新。

4. 随着研究的不断进展，可能会有新的致病性评估标准的更新。

5. 不同实验室的本地数据库不同，共分离、共存变异、频率和表型存在差异。

参考文献：

Lin L, Pan H, Qi Y, et al. Reasons and resolutions for inconsistent variant interpretation[J]. Human Mutation, 2023, 2023(1): 4955235.

盛迅伦. ACMG 遗传变异分类标准与指南[J]. 解读, 2023, 41(9): 898-903.

·基因变异位点致病性评估·

·服务介绍·

会元遗传可对指定变异位点，通过查询本地数据库、相关人群基因数据库、疾病特异性数据库、研究文献报道等收录信息，依据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南，结合提供的受检者临床表型信息进行致病性评估，并出具《基因变异致病性评估报告》，协助临床医生遗传咨询。

临床适用情况：

检测时间≥1年的变异

解读指南及数据库更新时

家庭进行产前诊断/辅助生殖等重要临床决策前

没有进行过变异致病性评估的变异

检测机构评估结果不一致的变异

有新临床表型或家系分析证据补充

服务流程：

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